Uit de aanwezigheid van de vuursteenmijnen van Rijckholt (ook elders in de gemeente aanwezig) kan worden afgeleid dat het gebied al in de prehistorie was bewoond. Sporen van Romeinse aanwezigheid zijn tamelijk zeldzaam, hoewel volgens de Heerlense archeologe Karen Jeneson ook de Zuid-Limburgse plateaus gedurende de eerste eeuwen van de christelijke jaartelling in cultuur gebracht waren. De vondst in 2012 van een nederzetting met houten huizen uit de Romeinse tijd in Eckelrade lijkt deze stelling te bevestigen. Bij Cadier en Keer is de Romeinse villa Backerbosch slechts gedeeltelijk opgegraven, maar duidelijk is dat dit een van de grootste villae rusticae van Nederland was. De Oude Akerweg in Bemelen – via het Wolfshuis doorlopend naar de Heerstraat bij Scheulder – was waarschijnlijk onderdeel van de Romeinse heerweg die van Maastricht naar Aken voerde. Ook in de Middeleeuwen was deze weg nog belangrijk, getuige de aanwezigheid van een gasthuis van het kapittel van Sint-Servaas in de buurtschap Gasthuis. De dorpen in het Maasdal dateren uit de Vroege Middeleeuwen en zijn ouder dan de dorpen op het plateau. Breust en Eijsden zijn hier de oudste kernen. Het Plateau van Margraten werd pas vrij laat (opnieuw) ontgonnen (12e-13e eeuw).

Het grondgebied van de huidige gemeente Eijsden-Margraten was tot 1794 een lappendeken van versnipperde territoria. Het grote aantal kastelen, met name in het Maasdal, getuigt ook heden nog van de toenmalige rivaliteit. Enkele dorpen vormden min of meer zelfstandige heerlijkheden binnen het Heilige Roomse Rijk, zoals het rijksgraafschap Gronsveld, de vrije rijksheerlijkheid Breust en de heerlijkheid Wijlre, waartoe Scheulder behoorde. Het gebied Heer en Keer behoorde tot de zogenaamde Elf banken van Sint-Servaas, die bestuurd werden door het Sint-Servaaskapittel in Maastricht. In het dorp Bemelen trad een andere Maastricht kapittel, dat van Onze-Lieve-Vrouw, als wereldlijk heer op, terwijl in de buurtschap Antoniusbank de Maastrichtse Antonieten het voor het zeggen hadden. Andere delen van de gemeente Eijsden-Margraten behoorden tot het graafschap Dalhem (Mheer, Banholt, Noorbeek, Cadier en Oost-Maarland) of het land van ‘s-Hertogenrade (Margraten), terwijl een klein gebied deel uitmaakte van het hertogdom Limburg. Bij het Partagetraktaat van 1661 werden enkele van deze territoria nog eens gesplitst in een Staats deel en een Spaans, later Oostenrijks deel.

De komst van de Fransen maakte in 1794 een einde aan de versnippering en vanaf 1814 behoorde het gebied achtereenvolgens tot het Verenigd Koninkrijk der Nederlanden (1814-30), het Koninkrijk België (1830-39) en vanaf 1839 tot het Koninkrijk Nederland. De grotere dorpen (Eijsden, Gronsveld, Margraten, Mheer, Noorbeek, Sint Geertruid en Bemelen) vormden tot 1982 elk een aparte gemeente. Bij de herindeling van Zuid-Limburg op 1 januari 1982 werden de gemeenten Eijsden en Margraten gevormd, die op 1 januari 2011 fuseerden tot de huidige gemeente.

In 2016 kwam de gemeente met het Belgische Wezet overeen om twee stukjes grondgebied te ruilen die aan de overkant van de Maas terecht waren gekomen door een verlegging van de rivier in de jaren 1970, waarbij men een grenscorrectie was vergeten. De schiereilanden L’Illal en Eijsden van samen 15 hectare worden Nederlands, het Nederlandse schiereilandje Petit-Gravier van 5 hectare Belgisch. De beslissing is genomen vanwege ordehandhavingsproblemen op L’Illal.

Bron Wiki