Aus der Anwesenheit der Feuersteinminen von Rijckholt (auch anderswo in der Gemeinde vorhanden) kann abgeleitet werden, dass das Gebiet bereits in prähistorischer Zeit besiedelt war. Spuren der römischen Präsenz sind ziemlich selten, obwohl nach Heerlen Archäologin Karen Jeneson die Süd-Limburger Plateaus auch während der ersten Jahrhunderte der christlichen Ära kultiviert wurden. Die Entdeckung einer Siedlung mit Holzhäusern aus der Römerzeit in Eckelrade im Jahr 2012 scheint diese Aussage zu bestätigen. In Cadier en Keer ist die römische Villa Backerbosch nur teilweise ausgegraben, aber es ist klar, dass dies eine der größten villae rusticae in den Niederlanden war. Der Oude Akerweg in Bemelen – durch den Wolfshuis zur Heerstraat bei Scheulder – war wahrscheinlich Teil der Römerstraße, die von Maastricht nach Aachen führte. Noch im Mittelalter war diese Straße noch wichtig, wie die Anwesenheit eines Gästehauses des Kapitels von Sint-Servaas im Weiler Gasthuis beweist. Die Dörfer im Maas-Tal stammen aus dem frühen Mittelalter und sind älter als die Dörfer auf dem Plateau. Breust und Eijsden sind die ältesten Zentren hier. Das Plateau von Margraten wurde erst sehr spät (12.-13. Jahrhundert) (wieder) abgebaut.

Das Gebiet der heutigen Gemeinde Eijsden-Margraten war bis 1794 ein Patchwork zerfetzter Gebiete. Die große Anzahl von Burgen, besonders im Meuse-Tal, zeugen heute noch von der Rivalität, die damals herrschte. Einige Dörfer bildeten mehr oder weniger unabhängige Freuden innerhalb des Heiligen Römischen Reiches, wie das Gronsveld-Gut, das freie bürgerliche Königreich von Breust und der Wijlre-Ruhm, zu dem Scheulder gehörte. Das Gebiet Lord und Times gehörte zu den sogenannten Elf-Banken von St. Servaas, die von der Sint-Servaaskapittel in Maastricht verwaltet wurden. Im Dorf Bemelen war ein anderes Maastrichter Kapitel, das der Muttergottes, ein herrscherlicher Herrscher, während in der Nachbarschaft der Antoniusbank die Maastrichter Antoniten das Sagen hatten. Andere Teile der Gemeinde Eijsden-Margraten gehörten zum Kreis von Dalhem (Mheer, Banholt, Noorbeek, Cadier und East Maarland) oder dem Land ‚s Herzogenrath (Margraten), während ein kleiner Bereich Teil des Herzogtums Limburg war. Im Partei-Tribut von 1661 wurden einige dieser Gebiete in einen Staatsteil und einen spanischen, später österreichischen Teil aufgeteilt.

Die Ankunft des Französisch im Jahr 1794, machte ein Ende die Zersplitterung und von 1814 das Gebiet gehörte nacheinander in dem Vereinigten Königreich der Niederlande (1814-1830), das Königreich Belgien (1830-1839) und von 1839 an das Königreich Niederlanden. Die größeren Dörfer (Eijsden, Gronsveld, Margraten, Mheer, Noorbeek, Sint Geertruid und Bemelen) bildeten jeweils eine eigene Gemeinde bis 1982. Bei der Reorganisation von Süd-Limburg am 1. Januar 1982 wurden die Gemeinden Eijsden und Margraten gegründet, die sich am 1. Januar 2011 zur heutigen Gemeinde zusammenschlossen.

Im Jahr 2016 stimmte die Gemeinde mit der belgischen Stadt Wezet überein, zwei Teilgebiete, die auf der anderen Seite der Maas lagen, durch eine Umleitung des Flusses in den 1970er Jahren zu tauschen, wo eine Grenzkorrektur in Vergessenheit geraten war. Die Halbinseln L’Illal und Eijsden von 15 Hektar werden niederländisch, die niederländische Halbinsel Petit-Gravier von 5 Hektar belgisch. Die Entscheidung wurde aufgrund von Strafverfolgungsproblemen auf L’Illal getroffen.


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